依農業金融法第28條第二項規定訂定之，其職掌為：

• 業務及帳務之稽核。
　
• 資產、負債之稽核。
　
• 契約、單據、規章及表報之稽核。
　
• 庫存及保管品之盤查。
　　
• 內部舞弊案及其他重大偶發事件之調查。
　　
• 對金融檢查所列缺件意見改善情形及主管機關命令改正事項之追蹤查核。
　　
• 職務交接時移交清冊之查核。
　　　
• 自行查核之規劃、監督與考核。
　　　
• 內部控制制度之研擬、評估及建議。
　　
• 參與訂定或修正各項業務作業及管理規則。
　
• 其他有關稽核事項之查核。